จอห์นสันเป็นหนึ่งในแดรกควีนคนแรก ๆ ที่ไปสโตนวอลล์อินน์หลังเริ่มยอมให้สตรีและแดรกควีนเข้าไปได้ หลังจากก่อนหน้าเป็นบาร์ชายล้วนเท่านั้น[11] ในช่วงเช้าตรู่ของวันที่ 28 มิถุนายน 1969 เกิดเหตุจลาจลสโตนวอลล์ขึ้น โดยมีสองคืนแรกที่การจลาจลเป็นไปอย่างหนักหน่วงที่สุด การปะทะกับตำรวจยังเกิดแรงกระเพื่อมให้มีการเดินขบวนประท้วงในขุมชนเกรนิชวิลเลจต่อเนื่องเป็นสัปดาห์หลังเกิดเหตุ[15]

จอห์นสัน, ซาซู่ โนวา (Zazu Nova) และ แจ็กกี ฮอร์โมนา (Jackie Hormona)[16] ถูกเรียกขานกันในบรรดาผู้อยู่ในเหตุการณ์สโตนวอลล์ที่เดวิด คาร์เทอร์ (David Carter) สัมภาษณ์ในหนังสือ Stonewall: The Riots That Sparked the Gay Revolution ว่าเป็น "บุคคลสามคนที่ทราบว่าเคยเป็นแนวรบหน้า" ในการผลักกลับตำรวจขณะเกิดเหตุการณ์[15] ส่วนจอห์นสันเองปฏิเสธข้อกล่าวหาว่าเธอเป็นคนเริ่มเหตุการณ์ ในปี 1987 จอห์นสันได้เล่าถึงเหตุการณ์สโตนวอลล์ว่าตอนนั้น "[เวลา] 2:00 [เช้าวันนั้น] [...] ก็เกิดจลาจลขึ้นไปแล้ว" และยังระบุว่าอาคารของสโตนวอลล์ "ถูกเพลิงไหม้" หลังตำรวจเป็นผู้ก่อเพลิงเอง[11] รายงานส่วนใหญ่ระบุว่าเหตุจลาจลเริ่มต้นขึ้นเมื่อเวลา 1:20 ในเข้าวันนั้น หลัง สอตร์เม เดอลาร์เวอรี น่อสู้กลับตำรวจที่พยายามจะมาจับกุมเธอในคืนนั้น[15]

ตั้งแต่ก่อนที่หนังสือของคาร์เทอร์จะออกจำหน่าย มักมีการอ้างว่าจอห์นสัน "เขวี้ยงอิฐ" ใส่ตำรวจ คำกล่าวอ้างนี้ไม่เคยได้รับการตรวจสอบ และจอห์นสันเองก็ยืนยันว่าตอนเริ่มเกิดการปะทะกัน เธอไม่ได้อยู่ด้วย มีแต่ได้ยินว่ามีเหตุการณ์เกิดขึ้นและไปบอกซิลเวีย รีเวียรา (Sylvia Rivera) ซึ่งกำลังหลับบนม้านั่งในสวนสาธารณะหนึ่งในแถวอัปทาวน์[17] นอกจากนี้ มีผู้อยู่ในเหตุการณ์ที่สโตนวอลล์หลายคนยืนยันกับคาร์ทเอร์ในหนังสือว่าในจลาจลคืนที่สอง จอห์นสันปีนขึ้นไปบนเสาไฟส่องสว่างแล้วเทถุงที่ข้างในมีอิฐหนึ่งก้อนใส่รถตำรวจคันหนึ่ง โดนกระจกหน้ากันลมแตก[15]